W toku kontroli kontroler lub osoba wykonująca czynności kontrolne ma prawo badać i oceniać wszelkie informacje związane z zakresem kontroli, zawarte w dokumentach, w tym w dokumentacji medycznej. Oznacza to, że dokumentacja medyczna jest jednym z podstawowych – jeśli nie podstawowym – obiektów kontroli przeprowadzanej przez Narodowy Fundusz Zdrowia.